Akadēmiskais centrs
Rokrakstu un reto grāmatu krājumā ir 21 869 vienību (6 082 rokrakstu un 15 787 seniespiedumu).
Krājuma papildināšanā galvenais akcents tiek likts uz Latvijas kultūrvēsturei nozīmīgu materiālu komplektēšanu.
Rokraksti
Krājuma nozīmīgāko daļu veido manuskripti un iespieddarbi, kas pārmantoti no Bibliotheca Rigensis. Manuskriptu kolekcijas lielākā vērtība ir pergamenta rokraksti latīņu valodā kas tapuši viduslaikos un iegūti no kādreizējiem Rīgas katoļu klosteriem un baznīcām, piemēram, 13. gadsimtā Francijā pārrakstītie „Psalterium Davidis” (Dāvida psalmi) un „Parabolae Salomonis” (Zālamana līdzības). Ar greznām miniatūrām rotāta 15. gadsimta "Stundu grāmata" latīņu un franču valodā. Izcila kultūrvēsturiska vērtība ir Rīgas Doma baznīcas misālei (Missale Rigense), pergamenta kodekss tapis 15. gs. vidū.
Vidusslaiku pergamenta fragmentu kolekcija sākta veidot vēl 19. gs. 2. pusē, tajā atrodami vairāki unikāli Vācijas un Nīderlandes viduslaiku tekstu fragmenti.
Apgaismības laika baltvācu literātu, garīdznieku, pedagogu rokrakstu krājums ir plašs un daudzveidīgs.
Liela kultūrvēsturiska nozīme ir kādreizējā Rīgas liceja pedagoga J.K. Broces (1742-1823) unikālajai kolekcijai. Tie ir 10 lielformāta sējumi „Sammlung verschiedener Liefländischer Monumente…”, kur 3130 lappusēs tušas zīmējumos, akvareļos, aprakstos un dokumentos fiksēta ne vien Rīgas, bet arī Latvijas un Igaunijas vēsture.
Būtisks ir bibliotēkas fondos saglabātais izcilā baltvācu publicista Garlība Merķeļa rokrakstu fonds – manuskripti, uzmetumi un plaša sarakste, tajā skaitā arī ar J.G. Herderu, kurš no 1765. līdz 1769.gadam strādājis Rīgas Domskolā un pilsētas bibliotēkā. Bagāta un interesanta ir ievērojamu valstsvīru, rakstnieku, zinātnieku un kultūras darbinieku autogrāfu kolekcija, piemēram, Pētera I, Katrīnas II, Napoleona un citu. Saglabājusies Mārtiņa Lutera 1540. gadā rīdziniekiem rakstītā vēstule.
Krājumā ir atrodami Latvijas kultūrvēsturei nozīmīgi avoti, piemēram, Rīgas Latviešu biedrības fonds.
Seniespieddarbi
Latvijas Universitātes Akadēmiskajā bibliotēkā glabājas 210 inkunābulas, grāmatas, kas iespiestas līdz 1500. gadam. Vecākā inkunābula, kas saglabājusies Latvijā, ir lapa no latīņu valodas mācību grāmatas „Catholicon”, ko, domājams, 1460. gadā Maincā iespiedis vēl pats J. Gūtenbergs.
Bibliotēkas glabāto inkunābulu tematika ir dažāda – Akvīnas Toma, Alberta Lielā, Bonaventuras un citu viduslaiku filozofu sacerējumi, Bībeles, dažādi reliģiskie traktāti un svēto dzīves apraksti, antīkās literatūras, piemēram, Tita Līvija, Horācija, Ovīdija, Vergīlija un Senekas sacerējumi un daži medicīniska satura darbi. Divas inkunābulas – 1500. gadā Lībekā uz pergamenta iespiestā „Missale Viburgense” (Mesu grāmata) un 1496. gadā Venēcijā izdotais „Plenarium” (Sprediķi ar skaidrojumiem) ir vienīgie līdz šim apzinātie eksemplāri pasaulē.
16. gadsimta pirmās puses iespieddarbu – paleotipu vidū bibliotēkas fondos nozīmīga vieta ir Vitenbergā izdotajiem Mārtiņa Lutera darbiem, no kuriem vairāki vēršas pie domubiedriem Rīgā, Tērbatā un Rēvelē ar aicinājumu veicināt laicīgo izglītību, dibināt skolas un bibliotēkas. Paleotipu kolekcijā atrodami Roterdamas Erasma, Petrarkas, Juvenāla, Cicerona, Ezopa u.c. darbu izdevumi.
Plaši pārstāvēta Eiropas 16.gadsimta otrās puses un 17. gadsimta grāmatniecība ar Kristofa Plantēna, Elzevīru, Alda Manūcija, Frobēnu un citu ievērojamu tā laika grāmatizdevēju darbiem.
Bibliotēkā ir bagātākā pirmā Rīgas tipogrāfa un grāmatu izdevēja N. Mollīna iespieddarbu kolekcija, kas aptver viņa darbības laiku Rīgā no 1588. līdz 1625. gadam.
Reto grāmatu un rokrakstu krājumā ir nozīmīgi krievu grāmatniecības pieminekļi: gan seniespieddarbi baznīcslāvu valodā (no 1594. gada), gan liturģiski manuskripti ar dziedājumu krjuku notācijā (15.-19.gs.).
Latvijas mūzikas un teātra vēstures pētījumos neaizstājama ir unikālā Rīgas pilsētas teātra (dib. 1782) teātra uzvedumu un koncertu afišu jeb Theaterzettel kolekcija (1782-1914).
Izveidota mākslinieciski vērtīgu grāmatu iesējumu kolekcija (19.-20.gs.) kas papildina un turpina krājumā atrodamo unikālo gotikas), renesanses, baroka, klasicisma oriģināliesējumu repertuāru.
Krājumā atsevišķi nodalītas grāmatas ar īpašām retumu pazīmēm (pirmizdevumi, greznumizdevumi un poligrāfiski interesanti iespiedumi, eksemplāri ar autoru ierakstiem un piezīmēm).